近日，吉因加攜手吉林省腫瘤醫(yī)院程穎教授團(tuán)隊(duì)，在生信領(lǐng)域頂級(jí)期刊Briefings in Bioinformatics上合作發(fā)表了OncoTOP（Oncologic Tumor-Only Profiling）算法標(biāo)桿文章。該算法突破性地解決了沒有對(duì)照樣本的情況下,根據(jù)NGS檢測(cè)結(jié)果，精準(zhǔn)檢測(cè)腫瘤組織中的突變并準(zhǔn)確區(qū)分胚體系來(lái)源。同時(shí)，OncoTOP還可用于準(zhǔn)確檢測(cè)TMB、MSI和HLA亞型等關(guān)鍵生物標(biāo)志物，是吉因加生信核心底層技術(shù)的重要突破。 OncoTOP創(chuàng)新算法 助力腫瘤突變來(lái)源精準(zhǔn)識(shí)別 在腫瘤精準(zhǔn)診療中，識(shí)別腫瘤組織中的體系和胚系突變對(duì)于指導(dǎo)患者治療決策至關(guān)重要。目前，區(qū)分變異的胚體系來(lái)源方法大都依賴于對(duì)照樣本與腫瘤組織的匹配檢測(cè)。通常情況下，若對(duì)照樣本和腫瘤組織中同時(shí)存在的變異被認(rèn)為是胚系變異，僅在腫瘤樣本中檢測(cè)到的變異則視為體系變異。然而，一個(gè)人通常含有數(shù)百萬(wàn)個(gè)胚系突變，而腫瘤患者往往只有幾個(gè)到數(shù)百個(gè)有價(jià)值的體系突變，尤其是對(duì)于MSI-H或TMB-H的患者，腫瘤組織中的體系突變通常異常增多。與此同時(shí)，由于患者的身體狀況、治療影響、采樣限制等因素，許多腫瘤患者無(wú)法提供對(duì)照樣本，從而錯(cuò)失了檢測(cè)變異來(lái)源的機(jī)會(huì)。因此，在缺乏對(duì)照樣本的情況下，如何準(zhǔn)確區(qū)分腫瘤組織中的變異來(lái)源成為了一項(xiàng)巨大的挑戰(zhàn)。 為解決這一問(wèn)題，OncoTOP創(chuàng)新性地整合了CNV、MSI、SNP以及SNV&InDels的整體信息，通過(guò)綜合分析判斷樣本的體系、胚系純合/雜合情況，提供了更加精準(zhǔn)的變異來(lái)源判斷。OncoTOP用了三個(gè)關(guān)鍵特征來(lái)構(gòu)建決策樹模型：突變頻率（VAF）、同一CNV區(qū)段內(nèi)的胚系頻率檢驗(yàn)顯著性（germP）和人群數(shù)據(jù)庫(kù)信息（PAD_count），這一模型能夠準(zhǔn)確區(qū)分變異的胚系或體系來(lái)源。結(jié)果表明，在對(duì)2864個(gè)來(lái)自18種癌癥類型的腫瘤組織樣本進(jìn)行分析時(shí)，OncoTOP在單樣本情況下的PPA和PPV分別高達(dá)為99.8%和99.9%。此外，OncoTOP不僅能夠準(zhǔn)確區(qū)分體系和胚系突變，還可檢測(cè)臨床可操作變異以及與耐藥相關(guān)的亞克隆突變，其性能與國(guó)際標(biāo)桿FoundationOne CDx相媲美，而且還可用于液體活檢。同時(shí)，該算法在腫瘤生物標(biāo)志物（如TMB、MSI、HLA亞型）的檢測(cè)上同樣展現(xiàn)出卓越的性能，進(jìn)一步強(qiáng)化了其在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用價(jià)值。 OncoTOP算法工作流程概覽 目前，該算法已被廣泛應(yīng)用于吉一安TM（1021）、吉迅安（188）、OncoLym、HRD等臨床用藥檢測(cè)產(chǎn)品，夯實(shí)了其在腫瘤用藥的重要應(yīng)用價(jià)值。 打造國(guó)產(chǎn)軟件生態(tài) 自主研發(fā)算法賦能多場(chǎng)景應(yīng)用 隨著生物信息學(xué)技術(shù)在臨床應(yīng)用中的深度發(fā)展，單一的開源軟件往往難以滿足復(fù)雜臨床場(chǎng)景的需求，因此吉因加著力打造了自主可控的國(guó)產(chǎn)生信軟件生態(tài)。 該腫瘤變異檢測(cè)生信軟件生態(tài)通過(guò)打造不同精細(xì)的算法，并將其配置為不同軟件，可廣泛應(yīng)用于腫瘤用藥、監(jiān)測(cè)、早篩等多個(gè)領(lǐng)域，有力推動(dòng)個(gè)體化治療的精準(zhǔn)化進(jìn)程。作為吉因加的核心底層軟件，RealSeq2與ER-seq算法高度契合，已在吉一安TM（1021）、吉長(zhǎng)安（1021+MRD）等臨檢產(chǎn)品中得到廣泛應(yīng)用。此外，在早篩方向，RealSeq2軟件能夠有效去除低質(zhì)量reads，進(jìn)行Reads聚簇糾錯(cuò)，并結(jié)合自主研發(fā)的AMBER模型算法，在99%的特異性下，敏感地區(qū)分癌癥患者與健康人群，從而為吉早安的高性能奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。 吉因加在自主可控軟件生態(tài)的打造及技術(shù)創(chuàng)新方面持續(xù)突破，不僅提升了生物信息學(xué)技術(shù)在臨床應(yīng)用中的能力，也為腫瘤變異檢測(cè)提供了新的底層技術(shù)支持。 自成立以來(lái)，吉因加持續(xù)深耕腫瘤NGS領(lǐng)域，不斷打磨生信能力，推出包括ER-seq、GM-seq、CHCT、scMSI等在內(nèi)的獨(dú)創(chuàng)核心算法，為生物信息學(xué)軟件體系的優(yōu)化和完善提供了強(qiáng)有力的支持。目前，公司已獲得專利授權(quán)90多項(xiàng)和軟著授權(quán)80多項(xiàng)。未來(lái)，吉因加將繼續(xù)夯實(shí)生信底層建設(shè)，賦能更多應(yīng)用，致力于提升腫瘤檢測(cè)的精準(zhǔn)度和個(gè)性化水平，持續(xù)引領(lǐng)行業(yè)發(fā)展。 關(guān)于吉因加 吉因加創(chuàng)立于2015年4月，是誕生于精準(zhǔn)醫(yī)療大背景下的創(chuàng)新型高科技企業(yè)。公司堅(jiān)持國(guó)產(chǎn)自主戰(zhàn)略，以NGS為底層技術(shù)，面向醫(yī)學(xué)、科技、健康三大業(yè)務(wù)方向，依托全流程智能化平臺(tái)，打造NGS臨床應(yīng)用、NGS 科研及精準(zhǔn)醫(yī)療服務(wù)三套全解決方案，堅(jiān)持走科研到臨床轉(zhuǎn)化，到人人服務(wù)的發(fā)展之路。